FastQCFastQC Report
Wed 25 May 2016
SRR1780653_2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameSRR1780653_2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length50
%GC60

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ACCTATCACACCCCATCCTAAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGTGC13.3333333333333335No Hit
GTTACTACGAGGGCTATGTGGCTGATTGAAGAGTATGCAATGAGCGATTT13.3333333333333335No Hit
GAGCCGGTGGCCTGGTCCTAATGGCACGCCGGCGCCGGCACCCACCGCCG13.3333333333333335No Hit
GTGTGGTTTCGAAGAAGATATAAAATATGATTAGTTCTGTGGCTGTGAAT13.3333333333333335No Hit
GATGCTGAGACCGGCATGGGATATGGAAGGGCTCCAGAGGTTTCCACAAT13.3333333333333335No Hit
GTCGACGACGACGCCGGACCGGGAACGCCTCTCGGCGGAAAGCCGCTCGC13.3333333333333335No Hit
CCCCGGGGCGAGGCGGTCCCCTATCGGGGTCCCTGTGTGCGGGGCAGGGT13.3333333333333335No Hit
CACCATTTCCGACGGCATCTACGGCTCAACATTTTTTGTAGCCACAGGCT13.3333333333333335No Hit
CTCCGGGATCCACCACAGGCGGAACAGCCCCAGGACTGTCTCTTATACAC13.3333333333333335No Hit
AGTATAAATAGTACCGGTAACTTCCAGTTATCTAGTTTGGACTACATTCA13.3333333333333335No Hit
GGGGTGGGGCCTTCTATGGCTGAGGGGAGTCAGGGGTGGAGACCTAATTC13.3333333333333335No Hit
TTCCAGCGCCGCGTCGAGTTCCCGGTCGACGCCCTGCGCACGTACCGGAC13.3333333333333335No Hit
GACGTGCCCACCTTCTGGTCCCACGCCCTGCAGGGCGTCTCCGGTGCGCG13.3333333333333335No Hit
GTGTGATAGTTGAGGGTTGATTGCTGTACTTGCTTGTAAGCATGGGGAGG13.3333333333333335No Hit
TGTTGGATGGGGTGGGGAGGTCGATGAATGAGTGGTTAATTAATTTTATT13.3333333333333335No Hit
ACGCCGCCGACGCCGCTCACGCGGGGCGCGCGCTCCCGCGTCTGTCTCTT13.3333333333333335No Hit
GCTATGCGTTTTGTCAGGGGGTTGAGAATGGGTGTGAGGCGTATTATACC13.3333333333333335No Hit
ACATAAACTGTGGGGGGTGTCTTTGGGGTTTGGTTGGTTCGGGGTATGGG13.3333333333333335No Hit
GGCGGCGGCCCCTCCCCCTGCCCCCGCGGGGACGCCGGGGGCGCGGACAG13.3333333333333335No Hit
GTGCCGCACGTGGCCACCGCCGTCCCGACACCGGCCAGGTGGGCCGCCAT13.3333333333333335No Hit
CCGAGGGGACGGGCGCCGAAGCCTTCTCCCGATAGAACGAGCACGTGGCG13.3333333333333335No Hit
GACACACAGCCCTGACCAACCGCCGCCGCAGAAGCCAGCAACGCCTCCCG13.3333333333333335No Hit
TCCCTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCTAAAGTGATCCTT13.3333333333333335No Hit
CCGCCGTGCGGCCCGGTCCGGACGGCTCGCTGGAGCCTGTCTCTTATACA13.3333333333333335No Hit
ACCCAACACAGGCATGCTCATAAGGAAAGGTTAAAAACAGTAAAAGGCAC13.3333333333333335No Hit
GGTGACATGATTTTCTCCGAGCTTCCGACATGCGAGACACTCCCCCAACA13.3333333333333335No Hit
TTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTC13.3333333333333335No Hit
GACGTGCTCGATGAAAGGGCGTGGTCATCTTTGGGTCGTCAATTGAAACA13.3333333333333335No Hit
TCCCGACGGCGCGGCGGTCACCTACCGCGTGCTGCGCCCGCTGGCGCGCA13.3333333333333335No Hit
GATCGTGCACGGCCAGATGACGGCGGTCGGGGGGCGGGGCCTCCCCCCCT13.3333333333333335No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)