FastQCFastQC Report
Wed 25 May 2016
SRR1780653_1.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameSRR1780653_1.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length50
%GC61

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGACCACCGTGACCGTGCGCGCCAGCGGGCGCAGCACGCGGTAGGTGACC13.3333333333333335No Hit
CCAACAAACCTACCCATCTTTAACAGTACATAGTACATAAAGCCATCTAC13.3333333333333335No Hit
GACCTCGGAGGTGGGCACGGTCAGCTCGGCCGCGAAGGTGACGGGCAGCT13.3333333333333335No Hit
GGTTCAGCGGTCCTTCGCGAGGCCGTCCTTGATGCCGGCGGCGGTGTCGC13.3333333333333335No Hit
GACCTGGTGCCGGGCCCCCTCAACCACCGGCTCGCCACGTGCTCGTTCTA13.3333333333333335No Hit
TATACACATCTCCGAGCCCACAGACCGGTTCCCATCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335RNA PCR Primer, Index 14 (95% over 21bp)
TCCTGGGGCTGTTCCGCCTGTGGTGGATCCCGGAGCTGTCTCTTATACAC13.3333333333333335No Hit
CTCCTACCCCTCACAATCATGGCAAGCCAACGCCACTTATCCAGTGAACC13.3333333333333335No Hit
CTCCTGCTGCGCGGCGTGAACCTGCCCCGCACACAGGGACACCGATAGGG13.3333333333333335No Hit
CCACCATTAGCACCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTC13.3333333333333335No Hit
TTGGGAGGCTGAAAGAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAG13.3333333333333335No Hit
ACACTCAACAGAAACAAAGCATACATCATTATTCTCGCACGGGCTACAAC13.3333333333333335No Hit
GCACACACACACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCAACCAAACCCCAA13.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTACGAGCCCACGAGACCGGTTCCCATCTCGTATGCCGT13.3333333333333335No Hit
GGAGAGGGCGAGGGCCCAGCCGCCGACCGCCGTCATCTGGCCGTGCACGA13.3333333333333335No Hit
ATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGGAGTAAGATCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 9 (95% over 21bp)
ACGCGGGAGCGCGCGCCCCGCGTGAGCGGCGTCGGCGGCGTCTGTCTCTT13.3333333333333335No Hit
GCTCCAGCGAGCCGTCCGGACCGGGCCGCACGGCGGCTGTCTCTTATACA13.3333333333333335No Hit
TCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCTAGGCGGAAGGATCACTTTAGCC13.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCCGAGACTTTAATGCATCTCGTATGCCGTC13.3333333333333335No Hit
GGGCTACACGGACGTGATGGCGGCCCACCTGGCCGGTGTCGGGACGGCGG13.3333333333333335No Hit
TCCCGGTGGAGGGACTCGAAGCGGCGGTGCACCCTGGGCATCCCCCCGCG13.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTCCGACCCACGAGACAACGGTCATCTCGTATGCCGTCT13.3333333333333335No Hit
AATTAGGTCTCCACCCCTGACTCCCCTCAGCCATAGAAGGCCCCACCCCC13.3333333333333335No Hit
GGTAACCCCGGGCTCCAACACATAGCCGCTGCGAGCGGCCTTCCGCCGAG13.3333333333333335No Hit
GTACAGGCAGCCGGAAGCCCGCGCAGCCAGCCCAGGTGCGGCGGGAGCGG13.3333333333333335No Hit
TCCGGTACGTGCGCAGGGCGTCGACCGGGAACTCGACGCGGCGCTGGAAC13.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACAGACACCGGCTAATCTCGTATGCCGTC13.3333333333333335No Hit
ATCAGGCGGCGGCTTCGAAGCCAAAGTGATGTTTGGATGTAAAGTGAAAT13.3333333333333335No Hit
CCTAAAGCCCATGTCGAAGCCCCCATCGCTGGGTCAATAGTACTTGCCGC13.3333333333333335No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)