##FastQC 0.11.5 >>Basic Statistics pass #Measure Value Filename SRR1780647_1.fastq.gz File type Conventional base calls Encoding Sanger / Illumina 1.9 Total Sequences 38 Sequences flagged as poor quality 0 Sequence length 50 %GC 60 >>END_MODULE >>Per base sequence quality pass #Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile 1 32.973684210526315 NaN NaN NaN NaN NaN 2 33.473684210526315 NaN NaN NaN NaN NaN 3 33.078947368421055 NaN NaN NaN NaN NaN 4 36.5 NaN NaN NaN NaN NaN 5 36.3421052631579 NaN NaN NaN NaN NaN 6 36.44736842105263 NaN NaN NaN NaN NaN 7 36.5 NaN NaN NaN NaN NaN 8 36.578947368421055 NaN NaN NaN NaN NaN 9 38.23684210526316 NaN NaN NaN NaN NaN 10 38.36842105263158 NaN NaN NaN NaN NaN 11 38.21052631578947 NaN NaN NaN NaN NaN 12 38.26315789473684 NaN NaN NaN NaN NaN 13 37.60526315789474 NaN NaN NaN NaN NaN 14 38.39473684210526 NaN NaN NaN NaN NaN 15 39.23684210526316 NaN NaN NaN NaN NaN 16 39.3421052631579 NaN NaN NaN NaN NaN 17 39.31578947368421 NaN NaN NaN NaN NaN 18 39.55263157894737 NaN NaN NaN NaN NaN 19 39.31578947368421 NaN NaN NaN NaN NaN 20 39.473684210526315 NaN NaN NaN NaN NaN 21 39.23684210526316 NaN NaN NaN NaN NaN 22 39.73684210526316 NaN NaN NaN NaN NaN 23 38.973684210526315 NaN NaN NaN NaN NaN 24 38.973684210526315 NaN NaN NaN NaN NaN 25 38.81578947368421 NaN NaN NaN NaN NaN 26 38.81578947368421 NaN NaN NaN NaN NaN 27 38.63157894736842 NaN NaN NaN NaN NaN 28 38.78947368421053 NaN NaN NaN NaN NaN 29 37.921052631578945 NaN NaN NaN NaN NaN 30 38.1578947368421 NaN NaN NaN NaN NaN 31 37.78947368421053 NaN NaN NaN NaN NaN 32 37.63157894736842 NaN NaN NaN NaN NaN 33 38.026315789473685 NaN NaN NaN NaN NaN 34 38.078947368421055 NaN NaN NaN NaN NaN 35 38.026315789473685 NaN NaN NaN NaN NaN 36 37.3421052631579 NaN NaN NaN NaN NaN 37 37.10526315789474 NaN NaN NaN NaN NaN 38 36.28947368421053 NaN NaN NaN NaN NaN 39 36.73684210526316 NaN NaN NaN NaN NaN 40 36.31578947368421 NaN NaN NaN NaN NaN 41 36.421052631578945 NaN NaN NaN NaN NaN 42 36.18421052631579 NaN NaN NaN NaN NaN 43 35.86842105263158 NaN NaN NaN NaN NaN 44 36.473684210526315 NaN NaN NaN NaN NaN 45 36.39473684210526 NaN NaN NaN NaN NaN 46 36.421052631578945 NaN NaN NaN NaN NaN 47 35.78947368421053 NaN NaN NaN NaN NaN 48 36.76315789473684 NaN NaN NaN NaN NaN 49 36.78947368421053 NaN NaN NaN NaN NaN 50 36.13157894736842 NaN NaN NaN NaN NaN >>END_MODULE >>Per tile sequence quality warn #Tile Base Mean 1110 1 4.0 1110 2 1.3333333333333357 1110 3 1.3333333333333357 1110 4 1.3333333333333357 1110 5 3.0 1110 6 1.6666666666666643 1110 7 1.3333333333333357 1110 8 0.6666666666666643 1110 9 0.0 1110 10 1.0 1110 11 0.0 1110 12 0.6666666666666643 1110 13 0.6666666666666643 1110 14 3.3333333333333357 1110 15 1.0 1110 16 0.6666666666666643 1110 17 2.0 1110 18 1.6666666666666643 1110 19 1.6666666666666643 1110 20 1.6666666666666643 1110 21 0.6666666666666643 1110 22 1.3333333333333357 1110 23 1.0 1110 24 0.3333333333333357 1110 25 0.3333333333333357 1110 26 1.3333333333333357 1110 27 0.0 1110 28 -1.3333333333333357 1110 29 -0.6666666666666643 1110 30 -0.3333333333333357 1110 31 0.3333333333333357 1110 32 -0.3333333333333357 1110 33 0.3333333333333357 1110 34 0.3333333333333357 1110 35 0.6666666666666643 1110 36 0.3333333333333357 1110 37 4.0 1110 38 5.0 1110 39 3.6666666666666643 1110 40 4.333333333333336 1110 41 2.0 1110 42 0.6666666666666643 1110 43 3.0 1110 44 3.0 1110 45 2.6666666666666643 1110 46 1.3333333333333357 1110 47 2.3333333333333357 1110 48 1.3333333333333357 1110 49 2.0 1110 50 2.0 2107 1 -5.0 2107 2 -2.6666666666666643 2107 3 0.3333333333333357 2107 4 -2.6666666666666643 2107 5 -6.0 2107 6 -3.3333333333333357 2107 7 -2.6666666666666643 2107 8 -1.3333333333333357 2107 9 0.0 2107 10 -1.0 2107 11 0.0 2107 12 0.6666666666666643 2107 13 -1.3333333333333357 2107 14 -5.666666666666664 2107 15 -2.0 2107 16 -1.3333333333333357 2107 17 -3.0 2107 18 -3.3333333333333357 2107 19 0.6666666666666643 2107 20 -0.3333333333333357 2107 21 0.6666666666666643 2107 22 0.3333333333333357 2107 23 0.0 2107 24 0.3333333333333357 2107 25 0.3333333333333357 2107 26 -1.6666666666666643 2107 27 0.0 2107 28 0.6666666666666643 2107 29 0.3333333333333357 2107 30 0.6666666666666643 2107 31 0.3333333333333357 2107 32 -1.3333333333333357 2107 33 -0.6666666666666643 2107 34 0.3333333333333357 2107 35 -0.3333333333333357 2107 36 -0.6666666666666643 2107 37 -7.0 2107 38 -10.0 2107 39 -7.333333333333336 2107 40 -1.6666666666666643 2107 41 -2.0 2107 42 -2.3333333333333357 2107 43 -3.0 2107 44 -4.0 2107 45 -3.3333333333333357 2107 46 0.3333333333333357 2107 47 1.3333333333333357 2107 48 1.3333333333333357 2107 49 2.0 2107 50 1.0 2214 1 1.0 2214 2 1.3333333333333357 2214 3 -1.6666666666666643 2214 4 1.3333333333333357 2214 5 3.0 2214 6 1.6666666666666643 2214 7 1.3333333333333357 2214 8 0.6666666666666643 2214 9 0.0 2214 10 0.0 2214 11 0.0 2214 12 -1.3333333333333357 2214 13 0.6666666666666643 2214 14 2.3333333333333357 2214 15 1.0 2214 16 0.6666666666666643 2214 17 1.0 2214 18 1.6666666666666643 2214 19 -2.3333333333333357 2214 20 -1.3333333333333357 2214 21 -1.3333333333333357 2214 22 -1.6666666666666643 2214 23 -1.0 2214 24 -0.6666666666666643 2214 25 -0.6666666666666643 2214 26 0.3333333333333357 2214 27 0.0 2214 28 0.6666666666666643 2214 29 0.3333333333333357 2214 30 -0.3333333333333357 2214 31 -0.6666666666666643 2214 32 1.6666666666666643 2214 33 0.3333333333333357 2214 34 -0.6666666666666643 2214 35 -0.3333333333333357 2214 36 0.3333333333333357 2214 37 3.0 2214 38 5.0 2214 39 3.6666666666666643 2214 40 -2.6666666666666643 2214 41 0.0 2214 42 1.6666666666666643 2214 43 0.0 2214 44 1.0 2214 45 0.6666666666666643 2214 46 -1.6666666666666643 2214 47 -3.6666666666666643 2214 48 -2.6666666666666643 2214 49 -4.0 2214 50 -3.0 >>END_MODULE >>Per sequence quality scores pass #Quality Count 30 1.0 31 0.0 32 0.0 33 0.0 34 1.0 35 8.0 36 5.0 37 8.0 38 6.0 39 9.0 >>END_MODULE >>Per base sequence content fail #Base G A T C 1 36.84210526315789 21.052631578947366 5.263157894736842 36.84210526315789 2 18.421052631578945 18.421052631578945 44.73684210526316 18.421052631578945 3 21.052631578947366 10.526315789473683 23.684210526315788 44.73684210526316 4 18.421052631578945 18.421052631578945 21.052631578947366 42.10526315789473 5 18.421052631578945 28.947368421052634 28.947368421052634 23.684210526315788 6 47.368421052631575 31.57894736842105 7.894736842105263 13.157894736842104 7 42.10526315789473 15.789473684210526 15.789473684210526 26.31578947368421 8 31.57894736842105 36.84210526315789 5.263157894736842 26.31578947368421 9 15.789473684210526 18.421052631578945 26.31578947368421 39.473684210526315 10 15.789473684210526 26.31578947368421 23.684210526315788 34.21052631578947 11 47.368421052631575 10.526315789473683 21.052631578947366 21.052631578947366 12 21.052631578947366 18.421052631578945 21.052631578947366 39.473684210526315 13 36.84210526315789 13.157894736842104 15.789473684210526 34.21052631578947 14 10.526315789473683 18.421052631578945 15.789473684210526 55.26315789473685 15 36.84210526315789 2.631578947368421 13.157894736842104 47.368421052631575 16 31.57894736842105 15.789473684210526 15.789473684210526 36.84210526315789 17 28.947368421052634 26.31578947368421 10.526315789473683 34.21052631578947 18 34.21052631578947 36.84210526315789 10.526315789473683 18.421052631578945 19 31.57894736842105 15.789473684210526 10.526315789473683 42.10526315789473 20 31.57894736842105 15.789473684210526 10.526315789473683 42.10526315789473 21 28.947368421052634 23.684210526315788 10.526315789473683 36.84210526315789 22 36.84210526315789 31.57894736842105 5.263157894736842 26.31578947368421 23 31.57894736842105 15.789473684210526 10.526315789473683 42.10526315789473 24 39.473684210526315 26.31578947368421 7.894736842105263 26.31578947368421 25 39.473684210526315 23.684210526315788 10.526315789473683 26.31578947368421 26 28.947368421052634 23.684210526315788 13.157894736842104 34.21052631578947 27 34.21052631578947 21.052631578947366 10.526315789473683 34.21052631578947 28 26.31578947368421 21.052631578947366 21.052631578947366 31.57894736842105 29 23.684210526315788 13.157894736842104 18.421052631578945 44.73684210526316 30 28.947368421052634 15.789473684210526 15.789473684210526 39.473684210526315 31 23.684210526315788 26.31578947368421 23.684210526315788 26.31578947368421 32 23.684210526315788 21.052631578947366 18.421052631578945 36.84210526315789 33 21.052631578947366 21.052631578947366 21.052631578947366 36.84210526315789 34 31.57894736842105 18.421052631578945 28.947368421052634 21.052631578947366 35 28.947368421052634 31.57894736842105 23.684210526315788 15.789473684210526 36 15.789473684210526 26.31578947368421 28.947368421052634 28.947368421052634 37 15.789473684210526 21.052631578947366 26.31578947368421 36.84210526315789 38 31.57894736842105 15.789473684210526 18.421052631578945 34.21052631578947 39 26.31578947368421 13.157894736842104 26.31578947368421 34.21052631578947 40 21.052631578947366 21.052631578947366 28.947368421052634 28.947368421052634 41 23.684210526315788 18.421052631578945 15.789473684210526 42.10526315789473 42 26.31578947368421 10.526315789473683 31.57894736842105 31.57894736842105 43 18.421052631578945 18.421052631578945 31.57894736842105 31.57894736842105 44 18.421052631578945 13.157894736842104 42.10526315789473 26.31578947368421 45 34.21052631578947 23.684210526315788 21.052631578947366 21.052631578947366 46 23.684210526315788 13.157894736842104 39.473684210526315 23.684210526315788 47 15.789473684210526 23.684210526315788 23.684210526315788 36.84210526315789 48 31.57894736842105 18.421052631578945 21.052631578947366 28.947368421052634 49 34.21052631578947 13.157894736842104 18.421052631578945 34.21052631578947 50 18.421052631578945 21.052631578947366 34.21052631578947 26.31578947368421 >>END_MODULE >>Per sequence GC content fail #GC Content Count 0 0.0 1 0.0 2 0.0 3 0.0 4 0.0 5 0.0 6 0.0 7 0.0 8 0.0 9 0.0 10 0.0 11 0.0 12 0.0 13 0.0 14 0.0 15 0.0 16 0.0 17 0.0 18 0.0 19 0.0 20 0.0 21 0.0 22 0.0 23 0.0 24 0.0 25 0.0 26 0.0 27 0.0 28 0.0 29 0.5 30 1.0 31 0.5 32 0.0 33 1.0 34 2.0 35 1.0 36 0.0 37 0.5 38 1.0 39 0.5 40 0.0 41 0.5 42 1.0 43 0.5 44 0.0 45 1.0 46 2.0 47 3.0 48 4.0 49 3.0 50 2.0 51 1.0 52 0.0 53 1.0 54 2.0 55 2.0 56 2.0 57 1.0 58 0.0 59 0.5 60 1.0 61 1.0 62 1.0 63 1.5 64 2.0 65 2.0 66 2.0 67 2.5 68 3.0 69 3.0 70 3.0 71 2.0 72 1.0 73 1.0 74 1.0 75 1.5 76 2.0 77 2.0 78 2.0 79 1.5 80 1.0 81 1.0 82 1.0 83 0.5 84 0.0 85 0.5 86 1.0 87 0.5 88 0.0 89 0.0 90 0.0 91 0.0 92 0.0 93 0.0 94 0.0 95 0.0 96 0.0 97 0.0 98 0.0 99 0.0 100 0.0 >>END_MODULE >>Per base N content pass #Base N-Count 1 0.0 2 0.0 3 0.0 4 0.0 5 0.0 6 0.0 7 0.0 8 0.0 9 0.0 10 0.0 11 0.0 12 0.0 13 0.0 14 0.0 15 0.0 16 0.0 17 0.0 18 0.0 19 0.0 20 0.0 21 0.0 22 0.0 23 0.0 24 0.0 25 0.0 26 0.0 27 0.0 28 0.0 29 0.0 30 0.0 31 0.0 32 0.0 33 0.0 34 0.0 35 0.0 36 0.0 37 0.0 38 0.0 39 0.0 40 0.0 41 0.0 42 0.0 43 0.0 44 0.0 45 0.0 46 0.0 47 0.0 48 0.0 49 0.0 50 0.0 >>END_MODULE >>Sequence Length Distribution pass #Length Count 50 38.0 >>END_MODULE >>Sequence Duplication Levels pass #Total Deduplicated Percentage 100.0 #Duplication Level Percentage of deduplicated Percentage of total 1 100.0 100.0 2 0.0 0.0 3 0.0 0.0 4 0.0 0.0 5 0.0 0.0 6 0.0 0.0 7 0.0 0.0 8 0.0 0.0 9 0.0 0.0 >10 0.0 0.0 >50 0.0 0.0 >100 0.0 0.0 >500 0.0 0.0 >1k 0.0 0.0 >5k 0.0 0.0 >10k+ 0.0 0.0 >>END_MODULE >>Overrepresented sequences fail #Sequence Count Percentage Possible Source AACCTGTGTCCACCCCCAGCCAGGCCAGCTGTCTGAAACACCATTCATGA 1 2.631578947368421 No Hit GCCGTGACCCGGTCGAAGGCCGCCCGGTCCAGGACCTGTCTCTTATACAC 1 2.631578947368421 No Hit CTTATACACATCTCCGGCCCACGAGACTTTAATGCATCTCGTATGCCGTC 1 2.631578947368421 No Hit CTTATAACACATCTCCGAGCCCACGAGACCCAAATAAATCTCGTATGCCG 1 2.631578947368421 No Hit TTTTCATATTGAATTGCAAATTCGAAGAAGCAGCTTCAAACCTGTCTCTT 1 2.631578947368421 No Hit CTTATACAAATCTCCGAGCCCACGAGACCCAAATAAATCTCGTATGCCGT 1 2.631578947368421 No Hit ATCCCGGCTCTCGCGGGGGCCGGCGTCGAGGTAGAGCTGTCTCTTATACA 1 2.631578947368421 No Hit CTGCATTGCTGCGTGCTTGATGCTTGTCCCTTTTGATCGTGGTGATTTAG 1 2.631578947368421 No Hit CGCCAGGACGATGATCTTGTCGACGGCCTTGAGCTCCTGTCTCTTATACA 1 2.631578947368421 No Hit ATCGAGCGGGCCAGCGAGATGGCGGTGTCCTCGTTCAGCGTCCCCGAGCG 1 2.631578947368421 No Hit CTATACACATCTCCGAGCCCAAGAGACACCGGCTAATCTCGTATGCCGTC 1 2.631578947368421 No Hit ACTCCCTGAGCGCCCGATCCGGGTCCGCGACCGTGTCGCCCTTGAGCTGT 1 2.631578947368421 No Hit CCCCATCATACTCTTTCACCCACAGCACCAATCCTACCCTGTCTCTTATA 1 2.631578947368421 No Hit CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCCAAATAAATCTCGTATGCCGT 1 2.631578947368421 No Hit TTCATGAACCGCAACGTCAACGAGGGCTTCTCCGGCGGCGAGAAGAAGCG 1 2.631578947368421 No Hit GAGTTGGCTTGTGAGCCCCGCCCCCTCCGAGCCCACGAGACTTTAATGCA 1 2.631578947368421 No Hit ATCTCCGAGCCCACGAGACTAACAACAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTT 1 2.631578947368421 RNA PCR Primer, Index 36 (100% over 28bp) CGTGGGGCCTGGGCCTGGTGGTCGGTGCGCTGCTGGCCAAGGAGGTCGCG 1 2.631578947368421 No Hit GTGCGGGAGCGGCCGCGGAAGGCGGCCACCGGGGTGCCGTCGTCGGTGGT 1 2.631578947368421 No Hit GAGCTGGAGCGCACCGGCCGGATCGATCGGGCCGCCGTCGCCGCCGTCCT 1 2.631578947368421 No Hit CTGTCTCTTATACACATCTCAGAGCCCACGAGACGATCCAAAATCTCGTA 1 2.631578947368421 No Hit ACCTGGGCGAGACCGCCGCGTGGGTGCGGGACCGGCAGATCGCCCTGGAG 1 2.631578947368421 No Hit GCGGCGGGCGGTGCGCACGGCCTCGGAGGCCGTGAGCAGCACGCGCGCGT 1 2.631578947368421 No Hit ATACACATCTCCGAGCCGACGAGACCGGTTCCCATCTCGTATGCCGTCTT 1 2.631578947368421 RNA PCR Primer, Index 27 (95% over 22bp) CACTGGGGCAGCCCTCAACAAATTAAGGAGAGAAATTGATATATAAATAC 1 2.631578947368421 No Hit CAGCTGGCTAATGTAGCAAAACTAACCTCAAATATTAATTGGCATTATGA 1 2.631578947368421 No Hit CCCCGGTGACGTCGGCCTCGGCCATCCGGTCCAGCTCGGCCTCCATCAGC 1 2.631578947368421 No Hit GGCACACATGTACAGTCAGGGACCACATAATCATATTTTGGTCAATGACA 1 2.631578947368421 No Hit GTCGTCGGCCGATCCACACCGGGAGGACGGTGTGATCGAGATCTGCGCCC 1 2.631578947368421 No Hit AAAAAAAAAAAAGCTAAACTAACCAAGATATTTTGTACTCTGTGGCAAGC 1 2.631578947368421 No Hit GCGTGATCATCCCGCTGACCGCCGAGTTCTTCGCGCTGCGCGCGGTCGCC 1 2.631578947368421 No Hit GGTCCAGACCGGGCCGCGTCCAGATCGTCCCCCATGCGTAGCCTGTCTCT 1 2.631578947368421 No Hit GTCCAGCGCATCTCCCCGGGCGGGGCGGCGCTCGACCGCAAACTGGCCGC 1 2.631578947368421 No Hit GTCGAACGTCGGGTGCGGGGAGAAGTCCCGGATGGTCTGCCCGTCGAAGT 1 2.631578947368421 No Hit CACCGGCCCTGCGCCTCATGCCGGCGCCGCCGCCCAGCCCCCGCGCCGCT 1 2.631578947368421 No Hit GGCCCAGGTGGGGCGTGAGCTCGGCCGGTCGCTGGGCCTGTCTCTTATAC 1 2.631578947368421 No Hit GGAGAAGACCTGCGCCAACGACCCCAGAAGATCACCGCGAGAGGGCCGGG 1 2.631578947368421 No Hit GGTCAGGGGTGCGACGAGGGGGAGCATGCGCCCCATTGTCCATCATCTGT 1 2.631578947368421 No Hit >>END_MODULE >>Adapter Content fail #Position Illumina Universal Adapter Illumina Small RNA 3' Adapter Illumina Small RNA 5' Adapter Nextera Transposase Sequence SOLID Small RNA Adapter 1 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 2 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 3 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 4 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 5 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 6 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 7 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 8 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 9 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 10 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 11 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 12 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 13 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 14 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 15 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 16 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 17 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 18 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 19 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 20 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 21 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 22 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 23 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 24 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 25 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 26 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 27 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 28 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 29 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 30 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 31 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 32 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 33 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 34 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 35 0.0 0.0 0.0 2.6315789473684212 0.0 36 0.0 0.0 0.0 5.2631578947368425 0.0 37 0.0 0.0 0.0 10.526315789473685 0.0 38 0.0 0.0 0.0 13.157894736842104 0.0 >>END_MODULE >>Kmer Content pass >>END_MODULE