FastQCFastQC Report
Wed 25 May 2016
SRR1780565_2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameSRR1780565_2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences120
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length50
%GC60

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GACTATTCCTAGCCATACACTACTCACCAGACGCCTCAACCGCCTTTTCA10.8333333333333334No Hit
TCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCACCACCA10.8333333333333334No Hit
TGCTGTTCCTGCTTCCCGGACTCACCATGTTCCGGTCCTGTCTCTTATAC10.8333333333333334No Hit
TGCTCGCAGTGCGCCGATCAGGGCGTAGTTTGAGTTTGATGCTCACCCTG10.8333333333333334No Hit
GGCCGCCACCAGTGGTGGCCCTTCGCGGACAGCATGAGGGCTGTCTCTTA10.8333333333333334No Hit
GTGCTGGACGAGGTGCTGCGCCGCGACGGCGTGGACCTGTTCACCGCGCT10.8333333333333334No Hit
AGACCACATCATCGAAACCGCAAACATATCATACACAAACGCCTGAGCCC10.8333333333333334No Hit
GATTAAAAATGCCCTAGCCCACTTCTTACCACAAGGCACACCTACACCCC10.8333333333333334No Hit
CGACGGCGCTCCGGACCGTTGCACCGGGCATGACCGAGACTCCCCACACC10.8333333333333334No Hit
TCAGCACGGCGAGCACGGCGCGCTCGGCCCGCTCGCCCGGCTCGCCCAGC10.8333333333333334No Hit
GACTCCTCACGGGTGAGGTCCGCCGAGACCAGCGGCGCCAGCTCGGTGAG10.8333333333333334No Hit
GTGACGGAGCCGGGCGGGGACGTCGCGGCCCTGGCCCTCGACGCGGTCGA10.8333333333333334No Hit
CTCCCGCGCCGTGCTCACGGCCGGCGGCGTGCTGGACTTCTTCCCCGTGA10.8333333333333334No Hit
GCGTGGACCCGGGGCTGAAGCTACCCAGAGGGGCAGGTCGGAGAGATCAG10.8333333333333334No Hit
GTCTGCGCCCTTACACAAAATGACATCAAAAAAATCGTAGCCTTCTCCAC10.8333333333333334No Hit
GGCCTGGGTGCAGTCGTGATGGCCCGGCTCAGCTCGAGGGCCATGTGCGT10.8333333333333334No Hit
GCCCTGCTCGCGGCGCTCGGCGGCGGCCTGGGCGCGGCGCTCGGCGGCGG10.8333333333333334No Hit
GGACTCACAGGTCAGGACCGAGCGGACCTTGATCTCCGTGCTGTCTCTTA10.8333333333333334No Hit
TCTCGGCACTGGAGCGAGAGCTCACGGGCGGACGCACGCGCGGCCCGGAG10.8333333333333334No Hit
TACTAGAAGTGTGAAAACGTAGGCTTGGATTAAGGCGACAGCGATTTCTA10.8333333333333334No Hit
ATCCTATAGTCAGGTGAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATGCCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
CCTCAGTGCCGGGCATCCGGACGCGCGTGAACGAGACGAGGGCGACCCGG10.8333333333333334No Hit
CTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCA10.8333333333333334No Hit
GCACCCGCCCGCCCGTGCCGGCCGCGACCTCGCGTCTGTCTCTTATACAC10.8333333333333334No Hit
TATTAATGATGAGTATTGATTGGTAGTATTGGTTATGGTTCATTGTCCGG10.8333333333333334No Hit
ACACCGTCGAGGACACGGACTACTCCCTGGAGCGCCTCCGCGCCGACCTC10.8333333333333334No Hit
CGGGGGAATAGGTTATGTGATTAGGAGTAGGGTTAGGATGAGTGGGAAGA10.8333333333333334No Hit
AAAAAAACCTCGCACAAAAAAAAATTTTGGGGGAAAAAAAAGAAAAAACC10.8333333333333334No Hit
GCTCAAGATCGCGGTGTTCGCGGTGCTGCTGGGGGTCTGTCTCTTATACA10.8333333333333334No Hit
CCACTGCAGGTCCTGGCCGGCCCCCCGCGCTCGGCACCCAGGGCACGCTC10.8333333333333334No Hit
CTCTAAGGGGTGCGTGTGAGAGGGTGGTGATTGATTGAGCAAGCATGGGG10.8333333333333334No Hit
GGACTGGGAGGCGGAGCTCGCGGACGTCGTCGCCGTGATCCTGCCCGGCA10.8333333333333334No Hit
GCCCAGCAGCTGCTCAGCGCCGGTGCCCTCGAACGCGCGGCGGGCCTGCG10.8333333333333334No Hit
AGTGTGAACGCGAGCACGGAGACCACGGCGCACACCCACACCTGTCTCTT10.8333333333333334No Hit
GAGAGCGAGGCCTCGCGGACGGCGCTGGCCGCGTTCACCACCCAGTCGCC10.8333333333333334No Hit
CGAGGGAGACGATGGCCGCGTACTGCGAGTCGGCCGCGGAGGCGGTCGCC10.8333333333333334No Hit
CCGTCACGGGGGTCAGCGACCACGCTGCCGGCGTGAGGCTGTCTCTTATA10.8333333333333334No Hit
GTCGAGCAGGCTCGGGGGCAGTGGCGCCCTCTCGGGCCACTGCAGGCTCC10.8333333333333334No Hit
CTTCTCCTTACACCTAGCAGGTGTCTCCTCTATCTTAGGGGCCATCAATT10.8333333333333334No Hit
CTGCCCCCACCGCCCCCTGCGGCCTAGCCCTCCTGGTGACTCCTCTTCAA10.8333333333333334No Hit
TTTTCGCTTCCCACAGGTCTCCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCG10.8333333333333334No Hit
GACCACGACGAGCCGGTCGCACAGCTGCTCCCTGTCTCTTATACACATCT10.8333333333333334No Hit
GGTGTGGGTATAATACTAAGTTGAGATGATATCATTTACGGGGGAAGGCG10.8333333333333334No Hit
GACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTCAGTAAGTTGCAATACTTAATTTCTGTA10.8333333333333334No Hit
GTGCGGTGCCGGCCGAAGAGGTCGTGCTCCGTGATCAGGGCGATCTGCGC10.8333333333333334No Hit
GGGGTGGAGACCTAATTGGGCTGATTTGCCTGCTGCTGCTAGGAGGAGGC10.8333333333333334No Hit
GGAAAAAAAGAACCCTTTGGATACGTAGGAATGGTCTGAGCTATGATATC10.8333333333333334No Hit
CGGCTCGCCGTCGATGAACTTCCTGCCCGCCTCGCTGAAGCAGAAGGCTG10.8333333333333334No Hit
CTCCGAGATGGCGGTGCCGAAGGCCAGGATCTTCTCGCGGGGGTCTTCAG10.8333333333333334No Hit
CAGGAGGTTGAGACAGGAGAATTGCTTGACCCCGGGGAGGCAGAGGTCTC10.8333333333333334No Hit
GCCGGGTGGGGTCCTGGGCGATCACGTCGGGGCCCTGGGTGCCGATCGAG10.8333333333333334No Hit
TCACTCTCCTACTTACAGGACTCAACATACTAGTCACAGCCCTATACTCC10.8333333333333334No Hit
CCCGAAGGCCATGTGGCCGGCGGTGAAGGCCATGCTCCACAGCGTCTACG10.8333333333333334No Hit
CCGCGGGGTCGTTCGCGTAGATCTCCTCGAGGCGGGGGAGGGTCTCGTCC10.8333333333333334No Hit
GCGACGCCGCCGCACTCGCGAATTGCTTGCGGGCGGTACGAGCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
CCTGAGCGTGTCGGCCCCGGCCGTGTTCGGCGTCTGGGACGCCGACGCGG10.8333333333333334No Hit
GACTGGCGCTGACCGACGCGGGCGTGCCGGGGCCGGAGGTGAATCCGCTG10.8333333333333334No Hit
GTCGAAGGCGGATTTAGCAGTAAACTGAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACA10.8333333333333334No Hit
GTCCAGCCTGGCGGCAGCGTCCCCGCCGACGGCACCATCGTCGACGGCCG10.8333333333333334No Hit
CAGCTGCCCGCGGGCATGATGCTCGTGGTCGGCGCCATCATCCTCTCGGG10.8333333333333334No Hit
GACGAGGACCTCGCCCTGGACGAGATCGTCCCGGACTCCTGTCTCTTATA10.8333333333333334No Hit
CTTCTAAATTACCAAGAAAAAGACAAGCCCTTAAGTTGCACAAGGATAAA10.8333333333333334No Hit
CGGACCCCTGGCTCCTCGTCCCTCGCCGTCGCAACCACAGGGCTGCTAAC10.8333333333333334No Hit
GGCTGGAAGAAGGCGTGCTGGGTATTGTGGGGGTATCTCATGGGGAGATA10.8333333333333334No Hit
ATCTAACTTTCTTCCCACAACACTTTCTCGGCCTATCCGGAATGCCCCGA10.8333333333333334No Hit
CCGAAGTTTCATCATGCGGAGATGTTGGATGGGGTGGGGAGGTCGATGAA10.8333333333333334No Hit
AGGTGCGCGTCTGCAGGGCCCATTCCCGGCCGGCCGCGCCGAGGCGCACC10.8333333333333334No Hit
CCCGAGCACGTCACGGTGGCCGCCGTCCGCGCGCCCCTGCCCCTGCAGCT10.8333333333333334No Hit
TAGTATGGTTGGGAAGATAAATGAAGTAATTTACGTAAATTTGTATACCG10.8333333333333334No Hit
AGGTCTCGAACGCCTCCGCGGCGTTGAGTCGGCCCAGGATGCGCAGCTGC10.8333333333333334No Hit
ATCCTACCCAGCACACACACACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCCTG10.8333333333333334No Hit
GAAGAATGTAATGCAGGATGTACGTGTTACTCCATCTCTGTCTCTTATAC10.8333333333333334No Hit
TCGCCGGGCTGGTCACGGCCGCGGCGCCCGAGATCTGTCTCTTATACACA10.8333333333333334No Hit
CGCCAGGGCGGTGCAGAGCGGGGCGGCGAGGACGGCCGCGAAGGCGACCA10.8333333333333334No Hit
GATGAGGATGGATAGTAATAGGGCAAGGACGCCTCCTAGCTTGTTAGGGA10.8333333333333334No Hit
TTACTGTATTGTACGAGTTGTAACTTTAGAGTGCCACTAGCAACTGTCTC10.8333333333333334No Hit
CCCCTATCTAGGCCTTCTCGCGAGCCAAAACCTGCCCCTACTCCTCCTAG10.8333333333333334No Hit
CATCTGCAGCGCCCTCTTTCCACCTATGGACCCGTTTGCGGTGCCAGGAC10.8333333333333334No Hit
ATTCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAACCCTCGTTCCACAGAAGCTGCCAT10.8333333333333334No Hit
GGACAAGGCCGCCTCGAAGGGCGTCATCCACAAGCTGTCTCTTATACACA10.8333333333333334No Hit
CCCTACACCTCGATGGTCAACGTGCTCGGCCTGCCCGCGGTCGCGGTGCC10.8333333333333334No Hit
CCTCGTGACTCTGCACCGGCTCGGGGGAGGCCTGCTGATCCTGTCTCTTA10.8333333333333334No Hit
GCATAATATTTCGCCCACTAAGCCAATCACTTTATTGACTCCTAGCCGCA10.8333333333333334No Hit
GTCATGGGCCGGGTCGATGACGACGCACTGCTCCGCGCCGCCGACGATCT10.8333333333333334No Hit
GCCTGCGACGCACCGGTCTGGTGCTCGATGTCGAACTCCGGGGAGTCGGC10.8333333333333334No Hit
GTGCGGGCCCACGAAGTGCGCCTGCGTGTACTCCCCCTGCTCCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
GGCCGCGGGCCGCGCCGAGCTCGAGCAGGCCCGGGACGCCGCACTGGCCG10.8333333333333334No Hit
GTCGTCAACGCCGCCAACTCCACCCTGCTCGGCGGCGGAGGCGTGGACGG10.8333333333333334No Hit
GTCGTGTACACGGTGACGCGCACGCCTAGCCGAATGAACTCGGCGCGGGG10.8333333333333334No Hit
CGGATAATCATGAGACGCCCCACAACTAGCCCTTCTAAAAGCTAATGGAA10.8333333333333334No Hit
CTCGTGGACCGAGAGCTTGCGCATCGCCTCCCCGGCCTGTCTCTTATACA10.8333333333333334No Hit
GGGAGTACGCACAGCCGAGCGAGTGGTCCGAGGGCCAGGGCCTGGACTGG10.8333333333333334No Hit
ATCATAATCGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTTCCCCTAATAATCGGTGC10.8333333333333334No Hit
GGCCGCGTTCACGGGGATCGCGGAGCCGCTGGGCGCGCTGATCGGCTGGC10.8333333333333334No Hit
CTTCCAACCTGTCACAGCACTCTCCTTGCTGGTTGCCAGCATGCTCCCTT10.8333333333333334No Hit
GTATAATATTTATGTAAATGAGGGGCATTTGGTAGATATGATTATCATAA10.8333333333333334No Hit
GCCCAGAACGGATGCCACGAACTCGGACTCCTCGGCCTGTCTCTTATACA10.8333333333333334No Hit
GTTCGGGACGCTGCTGCTCACGGCCGCGGAACTGGATCTGTCTCTTATAC10.8333333333333334No Hit
CGCGTAGGCCTCCTGCAGCTTGCGGGTGGCCTCGGTCCTGTCTCTTATAC10.8333333333333334No Hit
TTCTAGGACTATGAGAATCGAACCCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCG10.8333333333333334No Hit
CGACGGCCGGTGCCGGGGCCGCCGCGCCGGTCAGGCGGAGCTCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
GTATTAGTTTATACTACAAGGACAGGCCCATTTGAGTATTTTGTTTTCAA10.8333333333333334No Hit
GCCGTAGAGGTCGATGATCGCCTCGTAGATCATCTCGTGGCTGGGCCTGT10.8333333333333334No Hit
TACTAGGGGTGAGGCTCGTCACCGGGGGTGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGC10.8333333333333334No Hit
GAGCAGGGCGCCGTAGCCCGACGCGGCGGCGCGCTCGATGAGGTCGCGGG10.8333333333333334No Hit
CCTCAGGCGCGTCCTCCAGGCCATGGTCCACCAGCCAGTCTGTCTCTTAT10.8333333333333334No Hit
TTATGTGTTGTCGTGCAGGTAGAGGCTTACTAGAAGTGTGAAAAGGGAGG10.8333333333333334No Hit
GCCTCTAATACTGGTGATGCTAGAGGTGATGTTTTTGGTAAACAGGCGGG10.8333333333333334No Hit
AGTAGGCGTTAGCCTTCCGCCACGACTGCCGCCCTGCCTCCGTGTTCGAG10.8333333333333334No Hit
AGGATCCACAGGGCGAGCAGCGCGTAGATGACGATCAGCATCACGCTGTC10.8333333333333334No Hit
CCCCTCTGACATCCGGCCTGCTTCTTCTCACATGACAAAAACTAGCCCCC10.8333333333333334No Hit
CATGCCAAACCCTAGCCCCCATCTCAATCACCGACCAACTCTCCCCCTCG10.8333333333333334No Hit
CCCCTGTTCTTCGAGTACAAGGGCCGCAAGGTCGCCGACGCCTGAGATGG10.8333333333333334No Hit
TGATATGCATTCTCACGGGGTGGCATAGCTCATACAGGCTGTTGTTCTCA10.8333333333333334No Hit
GGCGGAGAGGGAGCCGAAGGACATGGACGAGATGTTCATCAGCGAGATGT10.8333333333333334No Hit
CTAGGAAAAAACCTTGCAGAGAGAGTAAAAAATTTAACACCCATAGTAGG10.8333333333333334No Hit
GCAACCGTGAGATCGCCGACTGCCTCACCACCAACTCCGCCCTCATGGCG10.8333333333333334No Hit
ATATAAGCCCCTACTCCATAATCCAAGGTCACACAGAGTCACTCCTTTAC10.8333333333333334No Hit
GGGTAGGCAAAGGCCAGTGGTGGTTTGGGGGTGTCTCTTAGCCCCATGTG10.8333333333333334No Hit
CCCTTACCATCAAATCAATTGGCCACCAATGGTACTGAACCTACGCTGTC10.8333333333333334No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers