FastQCFastQC Report
Wed 25 May 2016
SRR1780565_1.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameSRR1780565_1.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences120
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length50
%GC59

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TTTCAAAGCATTACTTCTCATTGACAAACCGGCTTGACACGTAAGAGCTC10.8333333333333334No Hit
GTGTGGGTGTGCGCCGTGGTCTCCGTGCTCGCGTTCACACTCTGTCTCTT10.8333333333333334No Hit
GTAATAGCTTTTCTAGTCAGGTTAGGTCTAGGAGGAGTAGGGGCAGGTTT10.8333333333333334No Hit
CTTGGGCATTTCTAAGCTTGTCCGAGCCCACGAGACAAACGGTCATCTCG10.8333333333333334No Hit
CTGCGACACAGACCTGCGACACAATGGGCCCATGACTGAGACCCCCCAGA10.8333333333333334No Hit
TTTCCCCACTGATCTCTCCGACCTGCCCCTCTGGGTAGCTTCAGCCCCGG10.8333333333333334No Hit
CGTAGGTTCAGTACCATTGGTGGCCAATTGATTTGATGGTAAGGGCTGTC10.8333333333333334No Hit
GTGGAGAAGGCTACGATTTTTTTGATGTCATTTTGTGTAAGGGCGCAGAC10.8333333333333334No Hit
TCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAACGATCCAAAATCTCGTATGCCGT10.8333333333333334No Hit
GACGAGGAGGCGATGCGCCAGCTCTCGGTCCACGAGCTGTCTCTTATACA10.8333333333333334No Hit
GACCTGCTCCGCCGGGATGCCGGCGGCCTCGGCCTCGGCCAGTGCGGCGT10.8333333333333334No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACACCGGCTAATCTCGTATGCCGT10.8333333333333334No Hit
CTTCGGCTCCGAGGTCGGCGCGGAGGCGCTCCAGGGAGTAGTCCGTGTCC10.8333333333333334No Hit
ATGTAACACGAGAAAGCACATACCAAGGCCACCACACACCACCTGTCCAA10.8333333333333334No Hit
GTGGACACCATGACCGTGCCGGAGGGCTACGACTGGGGCACCGTGATCCG10.8333333333333334No Hit
GGATAGCTATTAGAAGGATTATGGATGCGGTTGCTTGCGTGAGGAAATAC10.8333333333333334No Hit
CGGCGTGGTCGCCTTCGCGGCCGTCCTCGCCGCCCCGCTCTGCACCGCCC10.8333333333333334No Hit
GCGACCGCGCCCGCGACCTCATCGAGCGCGCCGCCGCGTCGGGCTACGGC10.8333333333333334No Hit
CTTTTATTCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAACCCTCGTTCCACAGAAGCT10.8333333333333334No Hit
GGATGACCCCCCTCAGATAGGGGTCCCTTGACCACCATCCTCCGTGAAAT10.8333333333333334No Hit
GGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTAT10.8333333333333334No Hit
GCTCCGGCTTCACGATCCCGGACGCGCAGATCGCCCTGATCACGGAGCAC10.8333333333333334No Hit
CTTGAGGAGGGTGACGGGCGGTGTGTACGCGCTTCAGGGCCCTGTTCAAC10.8333333333333334No Hit
GCCCTCCTTCACGGCGTCCCCCGACGCCGAGGTCACTCCGCTCGGCGTGC10.8333333333333334No Hit
CTCGTACCGCCCGCAAGCAATTCGCGAGTGCGGCGGCGTCGCCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
GTTTACAAAGAAATAAAAACCTTTTCCCCATCCTTCTTTTGATTGAAGAC10.8333333333333334No Hit
TTCATCGACCTCCCCACCCCATCCAACATCTCCGCATGATGAAACTTCGG10.8333333333333334No Hit
GCCCTGATCGGCTCCACGGGCTCGATCGGCACCCAGGGCCTCGACGTGAT10.8333333333333334No Hit
GCCTGGGCTCAGTGGCTCATGTCTGTAATCCCAGCACTTTGGTAGGCCAA10.8333333333333334No Hit
GGTTTTGCAGTCCTTAGCTGTTACAGAAATTAAGTATTGCAACTTACTGA10.8333333333333334No Hit
GGTTCGGGGTATGGGGTTAGCAGCGGTGTGTGTGTGCTGGGTAGGATCTG10.8333333333333334No Hit
CTCCTCGTCCGTCAGGCGGGCGCCGCCCGGGGCGGCCAGGGTCTGCTCGG10.8333333333333334No Hit
ATGTATGACAAAGTGAGTAGTGACTAAATTGCTGGAGAAATGAGTAGCAA10.8333333333333334No Hit
CCCGTCCACGATCACGGGGAAGAAGTCCAGCACGCCGCCGGCCGTGAGCA10.8333333333333334No Hit
GATGTTTTGGTTAAACTATATTTACAAGAGGAAAACCCGGTAATGATGTC10.8333333333333334No Hit
GGAGCAGCTGTGCGACCGGCTCGTCGTGGTCCTGTCTCTTATACACATCT10.8333333333333334No Hit
TACCCACTCCTTCAATGCTCATGTTAAATGCTGCTTCTTCAGGGAAGCCT10.8333333333333334No Hit
CGTAGACGCTGTGGAGCATGGCCTTCACCGCCGGCCACATGGCCTTCGGG10.8333333333333334No Hit
GGTGCAATCATGGATCACTGAGACCTCTGCCTCCCCGGGGTCAAGCAATT10.8333333333333334No Hit
GGGGTGTAGGTGTGCCTTGTGGTAAGAAGTGGGCTAGGGCATTTTTAATC10.8333333333333334No Hit
GTCATGTACCCCATGCTTGCTCAATCAATCACCACCCTCTCACACGCACC10.8333333333333334No Hit
GAAGATGCCCGAGAGGATGATGGCGCCGACCACGAGCATCATGCCCGCGG10.8333333333333334No Hit
ACGCGAGGTCGCGGCCGGCACGGGCGGGCGGGTGCCTGTCTCTTATACAC10.8333333333333334No Hit
GATTAGGACGGATCAGACGAAGAGGGGCGTTTGGTATTGGGTTATGGCAG10.8333333333333334No Hit
ACCCCCAGCAGCACCGCGAACACCGCGATCTTGAGCCTGTCTCTTATACA10.8333333333333334No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCATGAGACATGATGATATCTCGTATGCCGT10.8333333333333334No Hit
CAGCCAACTGTGATGTGAGCTAGACAAAAACTTCTGTTGTGTTGCACCAC10.8333333333333334No Hit
GCGCCATGAGGGCGGAGTTGGTGGTGAGGCAGTCGGCGATCTCACGGTTG10.8333333333333334No Hit
GATCAGCAGGCCTCCCCCGAGCCGGTGCAGAGTCACGAGGCTGTCTCTTA10.8333333333333334No Hit
CGCCCGCCACGGCCGCGAAGACGGCGGCCAGGAGCGCGGGTGTGAGGAAC10.8333333333333334No Hit
CTTATACACATCTCCGACCCACGAGACTAACAACAATCTCGTATGCCGTC10.8333333333333334No Hit
ATCGTCGGCGGCGCGGAGCAGTGCGTCGTCATCGACCCGGCCCATGACCT10.8333333333333334No Hit
GGTCATGTCGGTGAACCGGACCTCCTCGGTGCGGGGCACGGCCACGACGG10.8333333333333334No Hit
GCCGTACGCCAAGCCCACCCGCGAGGAGCAGCTGCGCATCCTGGGCCGAC10.8333333333333334No Hit
AGCCCACGAGACGGTAAACCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAA10.8333333333333334RNA PCR Primer, Index 36 (96% over 28bp)
CCCTCATGCTGTCCGCGAAGGGCCACCACTGGTGGCGGCCCTGTCTCTTA10.8333333333333334No Hit
GAGCAGGGGGAGTACACGCAGGCGCACTTCGTGGGCCCGCACCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
ACTGGCTGGTGGACCATGGCCTGGAGGACGCGCCTGAGGCTGTCTCTTAT10.8333333333333334No Hit
GCCCAGCCACGAGATGATCTACGAGGCGATCATCGACCTCTACGGCCTGT10.8333333333333334No Hit
GCTCGGGCTCCGGCACGCCTGCCCGCGCTGCGGCTCGGCCGCGCACGGCG10.8333333333333334No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCATGAGACCCAACACGATCTCGTATGCCGT10.8333333333333334TruSeq Adapter, Index 1 (95% over 21bp)
GTCCAGCGACGGTCCGGCGACTGGGTGGTGAACGCGGCCAGCGCCGTCCG10.8333333333333334No Hit
CTTGTGGATGACGCCCTTCGAGGCGGCCTTGTCCCTGTCTCTTATACACA10.8333333333333334No Hit
CCTTATGAGCATGCCTGTGTTGGGTTGACAGTGAGGGTAATAATGACTTG10.8333333333333334No Hit
GCCGAGGAGTCCGAGTTCGTGGCATCCGTTCTGGGCCTGTCTCTTATACA10.8333333333333334No Hit
TTTCGACTCATTAAATTATGATAATCATATCTACCAAATGCCCCTCATTT10.8333333333333334No Hit
GGTGCGCCTCGGCGCGGCCGGCCGGGAATGGGCCCTGCAGACGCGCACCT10.8333333333333334No Hit
CACGGAGATCAAGGTCCGCTCGGTCCTGACCTGTGAGTCCCTGTCTCTTA10.8333333333333334No Hit
GACCCCGCGGTGCGCCTCATCCCACGAGACGGGCCAGTCCAGGCCCTCGC10.8333333333333334No Hit
GACCGAGGCCACCCGCAAGCTGCAGGAGGCCTACGCGCTGTCTCTTATAC10.8333333333333334No Hit
TCTCGGGACCGCCACGCCGGTGGATGGCGCCGTCCACGCCTCCGCCGCCG10.8333333333333334No Hit
ATCTCGGGCGCCGCGGCCGTGACCAGCCCGGCGACTGTCTCTTATACACA10.8333333333333334No Hit
TCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAACAACAATCTCGTATGCCGTCTTC10.8333333333333334RNA PCR Primer, Index 36 (95% over 24bp)
AGCTCCGCCTGACCGGCGCGGCGGCCCCGGCACCGGCCGTCGCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
GGGTGGCGCGGGTCATCGCCACGTACAGATCGCCCACCACGCCGCGCGCG10.8333333333333334No Hit
GTCGAAGAGCGTGCCCTGGGTGCCGAGCGCGGGGGGCCGGCCAGGACCTG10.8333333333333334No Hit
CTCGAGGCGACCGCCTCCGCGGCCGACTCGCAGTACGCGGCCATCGTCTC10.8333333333333334No Hit
GCGCTGCACGGGGGACTTGGTCTCCTCGGGATCGGTGCCCGTGAACGGGC10.8333333333333334No Hit
GCAGAAGCAGCGGATTCACCTCCGGCCCCGGCACGCCCGCGTCGGTCAGC10.8333333333333334No Hit
CCTCAACCTAGGCCTCCTATTTATTCTAGCCACCTCTAGCCTAGCCGTTT10.8333333333333334No Hit
TGACTGAAGACCCCCGCGAGAAGATCCTGGCCTTCGGCACCGCCATCTCG10.8333333333333334No Hit
CCCACGAGACATGATGATATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAA10.8333333333333334TruSeq Adapter, Index 25 (100% over 28bp)
AGATGGAGTAACACGTACATCCTGCATTACATTCTTCCTGTCCTTATACA10.8333333333333334No Hit
TCTTATACACATCTCCGAGCCCCGAGACTTCCATATATCTCGTATGCCGT10.8333333333333334No Hit
GTCTTTGGACAGACATAGGAGGAAGAAATCTCACTTCATTAGAGATTAAG10.8333333333333334No Hit
GTTGTCCTCCGATTCAGGTTAGAATGAGGAGGTCTGCGGCTAGGAGTCAA10.8333333333333334No Hit
GTCTCATCCACCACCCTGGCGATCGACCGCAGGGCGGCCTGATGCCCGTC10.8333333333333334No Hit
GAGACCTGTGGGAAGCGAAAACTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCAC10.8333333333333334No Hit
GCCTTCATGCGCCGCAGGCCCGCCGCGCGTTCGAGGGCACCGGCGCTGAG10.8333333333333334No Hit
GGCGTGAACCGCTCCTCCGAGGAGATGTTCCGCAAGGCCGCCGCCGAGCG10.8333333333333334No Hit
CGGCTGCTCTTTGTCACTTGCAGCTGTGTTTGCAAGGGAGCATGCTGGCA10.8333333333333334No Hit
CATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAATCTTACCCCG10.8333333333333334No Hit
AGTAGCATCCGTACTATACTTCACAACAATCCTAATCCTAATACCAACTA10.8333333333333334No Hit
ATCTCCGAGCCACGAGACTAACAACAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG10.8333333333333334RNA PCR Primer, Index 36 (100% over 29bp)
AATTGGAAGCGCCACCCTAGCAATATCAACCATTAACCTTCCCTCTACAC10.8333333333333334No Hit
CCATTGGCGTGAAGGTAGCGGATGATTCAGCCATAATTTACGTCTCGAGT10.8333333333333334No Hit
ATCCAGTTCCGCGGCCGTGAGCAGCAGCGTCCCGAACCTGTCTCTTATAC10.8333333333333334No Hit
CTTATACACATCTCGAGCCCACGAGACAAACGGTCATCTCGTATGCCGTC10.8333333333333334No Hit
GACCGGAACATGGTGAGTCCGGGAAGCAGGAACAGCACTGTCTCTTATAC10.8333333333333334No Hit
TTGCTAGTGGCACTCTAAAGTTACAACTCGTACAATACAGTAACTGTCTC10.8333333333333334No Hit
CCTCACGCCGGCAGCGTGGTCGCTGACCCCCGTGACGGCTGTCTCTTATA10.8333333333333334No Hit
GCACAGGAGCACCCCATGAACCAGCCCGGACGTGAACCGGACCTGTCCAC10.8333333333333334No Hit
GCTCCGCAACGTCCTGCTGCTGGTGTTGATCGTGTTCCTGCCGGTCATCG10.8333333333333334No Hit
GAGGTGCTGGGCGAGCCGGGCGAGCGGGCCGAGCGCGCCGTGCTCGCCGT10.8333333333333334No Hit
GAGTCCGGGACGATCTCGTCCAGGGCGAGGTCCTCGTCCTGTCTCTTATA10.8333333333333334No Hit
GTCCATGTCGGCGCGGCCGTCGACGATGGTGCCGTCGGCGGGGTCCCCGC10.8333333333333334No Hit
GCGTCGGCCGCTCGGTGGCGTCCATGATCCTCGGCATCATCTCCGTGGTG10.8333333333333334No Hit
CATTAACACTATTCTCACCAGACCTCCTAGGCGACCCAGACAATTATACC10.8333333333333334No Hit
CTGTGGAACGAGGGTTTATTTTTTTGGTTAGAACTGGAATAAAAGCTAGC10.8333333333333334No Hit
CCTTCTGCTTCAGCGAGGCGGGCAGGAAGTTCATCGACGGCGAGCCGCTG10.8333333333333334No Hit
GGCCTCCTCCTAGCAGCAGCAGGCAAATCAGCCCAATTAGGTCTCCACCC10.8333333333333334No Hit
GTGCGGATCGGCGGCCCGGACTGCCGCCAGCCCGTGGACATCTCGCTGAT10.8333333333333334No Hit
GGCCGCGGCTGATCTCACCCTCGCTCATGACCTCGGAGGTGAGGTAGCGC10.8333333333333334No Hit
GCACCAAATCTCCACCTCCATCATCACCTCAACCCAAAAAGGCATAATTA10.8333333333333334No Hit
GCGGTGATGTGCACGCCGAGACGCTCGAACAGCTCTTCTGGCTCGGGGGG10.8333333333333334No Hit
GTGCTCCACGCCGCCACCCGGCCGTCCGGCGACTGCACAGCGACCGCGTC10.8333333333333334No Hit
TCATTATTCTCGCACGGGCTACAACCACGACCAATGATATGAAAAACCAT10.8333333333333334No Hit
CGTGATGCTGATCGTCATCTACGCGCTGCTCGCCCTGTGGATCCTCTGTC10.8333333333333334No Hit
CTGCAGGGGCAGGGGCGCGCGGACGGCGGCCACCGTGACGTGCTCGGGCT10.8333333333333334No Hit
CCGCTCCACCACGAGCGTCTGCTCGGTGGGCAGCACCCCGGTGGCCCTGT10.8333333333333334No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers