FastQCFastQC Report
Wed 25 May 2016
SRR1780557_2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameSRR1780557_2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length50
%GC58

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATCTCGCACTATGCGCCCCCGCGCATCGCGCAGTCGCTGTCTCTTATACA12.083333333333333No Hit
CGCGTACACGTACCGCTCCGCGTTCGGCTCGGAGAGCGACGAGCAGGAGC12.083333333333333No Hit
ATACACATCTGACGCTGCCGACGAGAATGACCGTGTAGAGCTCGGTGGGC12.083333333333333No Hit
CACCCCAAGTGTGAACACGCAGGCTTGGATGAAGGCGACAGCCATTTTGC12.083333333333333No Hit
CTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATGACCATGTGTAGATCTCTGGG12.083333333333333No Hit
CGATCAGCTCGGGGTTCAGCGCGAGCGCCCGGGCGATCGCCACGCGCTGT12.083333333333333No Hit
CTTTACACATCTGACGCTGCCGACGAAAATTTGCGTGTGGATTTCGGGGG12.083333333333333No Hit
ACCTTACTTCCCCTGATGTTCTCATTCCGCTGCCTCTTCTCTACAAACCC12.083333333333333No Hit
TCCTGGGCCTGGAGGAACTCGAAGACCTCACGCTCGTCCACACCGGGGAA12.083333333333333No Hit
GAGGAGGCCGGCTCGCCCACCTTCCGCACCTTCCTGGAGAAGCACCGGGC12.083333333333333No Hit
GTCTACCGTATCTCTTTATCATTGAGAAATGTCTCCCTCCACCTCATTTA12.083333333333333No Hit
CGCCCAGGTTCGGTCCGAGATGGCCACCCGTCTTGGAGCTGTCTCTTATA12.083333333333333No Hit
GGATGGCCTTGGGGAGGGAAGCTACCTAAAGTGCGGGGGTGTCTTTGGGG12.083333333333333No Hit
GTCTCCGACCGCTACGCCACCGAACACCTCGAGATCCAGACGCGCGACCC12.083333333333333No Hit
ATGTCCTCCCGTGAGGCCAAATATCATTCTGAGGGGCCACAGTAATTACA12.083333333333333No Hit
GAGTCGCTCAGTGCCGAAACGTCCGCTAACGTGAGGGGCCAACAATCACC12.083333333333333No Hit
GCCCACCATCTACGGCCGCGACAACGTGGACCAGCGCCGGTTGGGCGAGC12.083333333333333No Hit
CCCTAGTGCCTGGCGTTCCCGGGACGACGGCGACGCCGGGGACGGGCCGG12.083333333333333No Hit
CCGCGGACATCGCCCTGATGGGCGACCGGCTCGAGCGCTGTCTCTTATAC12.083333333333333No Hit
GTGCTATAGGGTAAATACGGGCCCTATTTCAAAGATTTTTAGGGGAATTA12.083333333333333No Hit
CTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGATCCGTGCCGTGTAGTTC12.083333333333333No Hit
GATCAAAGTAATTCTTAGGCCAAAGTAGCCGTTTGGGGGTGGCATATTCA12.083333333333333No Hit
GTGGACGACGACGGTGCCCTCGTGCCCACCGGTGCCCCGGACCTCGACGG12.083333333333333No Hit
ACGGCGAGCCGCTCCAGGCGGACCGCATGTACACGGTGGCCAGCCAGTCG12.083333333333333No Hit
ATTTTAGCCCCTTTCATTGTAATTTACAATTTTTCTGTCAGCTTACACGT12.083333333333333No Hit
ACACCCTAGTAGGCTCCCTTCCCCTACTCATCGCACTGATTTACACTCAC12.083333333333333No Hit
CCCTTAGTCCTTCTGATCTCAGCTTGAAGTCACCTCCTCCAGGAAGTCCT12.083333333333333No Hit
CGTCGGCGGCGGGCCGGAGACCGAACCGGAGAGGTCGTCGGAGCCGCTGT12.083333333333333No Hit
CTTGTAGACCTACTTGCGCTGCATGTGCCATTAAGATATATAGGATTTAG12.083333333333333No Hit
TATTTACCCTATAGCACCCCCTCTACCCCCTCTAGAGCCCACTGTAAAGC12.083333333333333No Hit
GCCTACCGTGGCGAGGACGGGCGGACGTGTTCCTCCGCCCCGGAGCCTGT12.083333333333333No Hit
ATAGTTGTAGCAGGAATCTTCTTACTCATCCGCTTCCACCCCCTGTCTCT12.083333333333333No Hit
ATGTAAGTCCGTGGGCGATTATGAGAATGACTGCGCCGGTGAAGCTTCAG12.083333333333333No Hit
ATTGTGTAAGCTAGTCATATTAAGTTGTTGGCTCAGGAGTTTGATAGTTC12.083333333333333No Hit
CTATAGTGGAGGCCGGAGGAGGAACCGGGTGAACATGCCACCCTCCCCTA12.083333333333333No Hit
CTCTAACACTATGCTTAGGCGCTATCACCACTCTGTTCGCAGCAGTCTGC12.083333333333333No Hit
TCCCCAGGTCCAGCGACCAGCCGTACTCCTCGGCGGCGGCGGCGAGCATG12.083333333333333No Hit
TTTTACACGTCTGTCGCTGCAGACGAACGTCTATGTGTAGTTATGGGTGG12.083333333333333No Hit
TGACGGGTCAGAGGTCGGCGTGGTTGGCGCCGATGTCGAGCGTGGGCACG12.083333333333333No Hit
GTCTCTATTTTACCCTCCTACAAGCCTCAGAGTACTTCGAGTCTCCCTTC12.083333333333333No Hit
GGCGCAGGGCTCGAACTCAGCGTCCTCGCCGGAGTTCAGCGTCTCGTCGT12.083333333333333No Hit
GCCCGGTGCAGCGACGCCTGGGTCTGGCCACGGTGCGCGTGCTGTCTCTT12.083333333333333No Hit
CGCCCTCCCAGGCCCAGGCGCCAACAGCAGGCGGATTGAGCTCTCCCTGA12.083333333333333No Hit
GGTAGACGGATCACCTGCGGCCAGGGGTTCAAGACCAGCATGGCCAACAT12.083333333333333No Hit
GGCCCGCGGCGTCCAGGCGGGTGTTGCGGCTGGGGAGCGCGAGGGCCCCG12.083333333333333No Hit
AACCCGGGCCGCTGGCCCCGGACTCCGCCCTGCACCTGTCTCTTATACAC12.083333333333333No Hit
GGGCTGAGGAGAAGGAGAATGTGATAATACGCCAACGAAACGAGTAGTGG12.083333333333333No Hit
CATTATTATAATAAACACCCTCACCACTACAATCTTCCTAGGAACAACAT12.083333333333333No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)