FastQCFastQC Report
Wed 25 May 2016
SRR1780557_1.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameSRR1780557_1.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length50
%GC56

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AGCCCACGAGACAAACGGTCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAA12.083333333333333Illumina PCR Primer Index 7 (96% over 28bp)
CTGCAGCAGATCACCTATCTTGCACTTGGGCAGAAGGGAGGACTTCCTGG12.083333333333333No Hit
ATATACCATGGAAACATTAACCAATAGGCTTCTAAAGCTATAGCTCAAAT12.083333333333333No Hit
GGTGGGGAGGGGTGTTTAAGGGGTTGGCTAGGGTATAATTGTCTGGGTCG12.083333333333333No Hit
GATGGAGGAAAAGAGAAGGCTCAGAGGTGAGAAAGAAAGACATGGAGACA12.083333333333333No Hit
CGCTCGAGCCGGTCGCCCATCAGGGCGATGTCCGCGGCTGTCTCTTATAC12.083333333333333No Hit
GATGTAGGACAAGTAGTAAAGAGGGACTGAGGCACTAAGCAGACACCCTG12.083333333333333No Hit
GCTGGACCTGCTGAACTCGGCGCCCTGGCCGGTGAAGCGCGCCGAGTTCA12.083333333333333No Hit
CTCCAAGACGGGTGGCCATCTCGGACCGAACCTGGGCGCTGTCTCTTATA12.083333333333333No Hit
CACATCTCCGAGCCACGAGACTGCTGGGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGC12.083333333333333Illumina PCR Primer Index 2 (95% over 24bp)
CCCACGAGACGGTAAACCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAA12.083333333333333Illumina PCR Primer Index 1 (96% over 27bp)
CTGTCTCTTATACACATCTCGAGCCCACGAGACGATCCAAAATCTCGTAT12.083333333333333No Hit
CCGAGCCCACGAGACGGTAAACCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAA12.083333333333333RNA PCR Primer, Index 36 (96% over 28bp)
GTGGAGAAGGCTACGATTTTTTTGATGTCATTTTGTGTAAGGGCGCAGAC12.083333333333333No Hit
GACATGCTCGCCGCCGCCGCCGAGGAGTACGGCTGGTCGCTGGACCTGGG12.083333333333333No Hit
CCGTCGACCACCGGCGACGCCGGGGATGAGCCTGGACACCGGCCCGTCCC12.083333333333333No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGGAGTAAGATCTCGTATGCCGT12.083333333333333No Hit
GGCGTCGAGGCGCGCCCGGTGCTTCTCCAGGAAGGTGCGGAAGGTGGGCG12.083333333333333No Hit
GACGTGCCCACGCTCGACATCGGCGCCAACCACGCCGACCTCTGACCCGT12.083333333333333No Hit
GACGGGGTTTTGCAATGTTGGCCATGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAG12.083333333333333No Hit
TATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGGAGTAAGATCTCGTATGCCGTCT12.083333333333333No Hit
GCTTAGAGGTGAAGGAGATCTGAATATGCCACCCCCAAACGGCTACTTTG12.083333333333333No Hit
GACGTCGACGTCCGCGCCGTGCCCATCGTCCGCTCGCCCGAGGGCCTCGC12.083333333333333No Hit
GCTCCGGGGCGGAGGAACACGTCCGCCCGTCCTCGCCACGGTAGGCCTGT12.083333333333333No Hit
CGACTGCGCGATGCGCGGGGGCGCATAGTGCGAGATCTGTCTCTTATACA12.083333333333333No Hit
CTCCTGCTCGTCGCTCTCCGAGCCGAACGCGGAGCGGTACGTGTACGCGC12.083333333333333No Hit
CCTACGACGAGACGCTGAACTCCGGCGAGGACGCTGAGTTCGAGCCCTGC12.083333333333333No Hit
CCACCCTACCACACATTCGAAGAACCCGTATACATAAAATCTAGACAAAA12.083333333333333No Hit
GTCCGTGATCGCCTGGGAGTCCAACAGGCCCATGTTCACGAAGTTCTGGC12.083333333333333No Hit
CACGCAGACCTTCCCCGGTGTGGACGAGCGTGAGGTCTTCGAGTTCCTCC12.083333333333333No Hit
ATTCTCAACCCCCTGACAAAACACATAGCCTACCCCTTCCTTGTACTATC12.083333333333333No Hit
AGCCCACGAGACCCAACACGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAA12.083333333333333Illumina PCR Primer Index 1 (96% over 31bp)
GTAGGGTCTTGGTGACAAAATATGTTGTGTAGAGTTCAGGGGAGAGTGCG12.083333333333333No Hit
GCGCAGGAGCTGGCCGAACCGGTCGATGTTGAACAGTCCCTGGAGGGTGA12.083333333333333No Hit
ACATCTCCGAGCCCACGAGCATGATGATATCTCGTATGCCGTCTTCTGCT12.083333333333333TruSeq Adapter, Index 25 (100% over 26bp)
CGCGTGGCGATCGCCCGGGCGCTCGCGCTGAACCCCGAGCTGATCGCTGT12.083333333333333No Hit
GTGCAGGGCGGAGTCCGGGGCCAGCGGCCCGGGTTCTGTCTCTTATACAC12.083333333333333No Hit
TAAGTGGAGTCCGTAAAGAGGTATCTTTACTATAAAAGCTATTGTGTAAG12.083333333333333No Hit
ATCTTTAACTTAAAAGGTTAATGCTAAGTTAGCTTTACAGTGGGCTCTAG12.083333333333333No Hit
CGGCTCCGACGACCTCTCCGGTTCGGTCTCCGGCCCGCCGCCGACGCTGT12.083333333333333No Hit
GACCGGGGGTATACTACGGTCAATGCTCTGAAATCTGTGGAGCAAACCAC12.083333333333333No Hit
CCCCACGAGGGCCTCGGGGTCGCGCGTCTGGATCTCGAGGTGTTCGGTGG12.083333333333333No Hit
CTCTCACTGCCCAAGAACTATCAAACTCCTGAGCCAACAACTTAATATGA12.083333333333333No Hit
CACGCGCACCGTGGCCAGACCCAGGCGTCGCTGCACCGGGCCTGTCTCTT12.083333333333333No Hit
ATCTCCGAGCCCACGAGACGGTAAACCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTT12.083333333333333Illumina PCR Primer Index 1 (96% over 26bp)
GGGGTGGAAGCGGATGAGTAAGAAGATTCCTGCTACAACTATCTGTCTCT12.083333333333333No Hit
CTCCGAGCCCACGAGACGATCCAAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGA12.083333333333333Illumina PCR Primer Index 6 (96% over 29bp)
GCCAATAATGACGTGAAGTCCGTGGAAGCCTGTGGCTACAAAAAATGTTG12.083333333333333No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)