FastQCFastQC Report
Tue 31 May 2016
SRR1051275_1.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameSRR1051275_1.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences8044059
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC40

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[OK]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[WARN]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATAC925541.1505882788776165No Hit
ATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGT870441.082090521712981No Hit
ACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTAT852331.0595770120532433No Hit
ATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACAT808371.0049279847400423No Hit
CATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATA714320.8880093992348888No Hit
GTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATAT672530.836058014989696No Hit
TATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATG612630.7615931210847658No Hit
ATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTAC606700.7542212209035264No Hit
TATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACA558290.6940401605706771No Hit
TACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTA536680.6671756137044743No Hit
TGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATA500340.6219994159664916No Hit
ACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGT498240.6193887936426126No Hit
ATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATAT495450.6159203954123161No Hit
ATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACAT491700.6112585698339607No Hit
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA480670.597546586866158No Hit
CATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTA465710.5789490106922388No Hit
GTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATAT357970.44501165394236913No Hit
TATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATA337180.41916649293596675No Hit
TATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACA327890.40761759703652095No Hit
TACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATG307070.38173514142549175No Hit
TGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATATGTACATATA279370.34729978982003984No Hit
ATCTCGAGGGCGCGCCGGATCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT119570.14864386250772155No Hit
TTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATATGTATACATAT87910.1092856230915263No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TCGACGG32750.082.634212
GTCGACG24700.081.751271
GACGGCG40450.067.256224
ACGGCGC40800.066.678855
CGACGGC45900.059.3735283
AATTCGA21600.056.1362761
CGGCGCG49400.054.878576
GCGGTAC14750.051.5017059
GGCGGTA15200.048.727568
ATTCGAG16250.043.826242
TTCGACG9650.042.0550161
CGAGGCG19500.037.2520755
TATCTCG25000.037.2230872
CGCGCCG94500.035.6714069
TATCGGA16700.034.0810241
GGCGCGC99000.033.9540567
AGGCGGT22550.033.6873667
TACGGCG7950.033.44516888-89
GCGCGCC100700.033.4288
ATCTCGA39550.033.286371
Produced by FastQC (version 0.11.5)